Projekta nosaukums: Kuņģa mikrobioma un gaistošo organisko savienojumu sakarības izpēte agrīnai kuņģa vēža diagnostikai

Projekta līguma numurs: 1.1.1.2/VIAA/3/19/495

Projekta īstenošanas termiņš: 01.05.2020. – 30.04.2023.

Projekta kopējais finansējums, LU daļa: 133 805,88 EUR, LU daļa 5% - 6 690, 31 EUR

Projekta mērķis: Kuņģa mikrobioma radīto gaistošo savienojumu, mikrobioma izmaiņu ietekmes un izelpas marķieru izpēte agrīnai kuņģa vēža atklāšanai

Projekta rezultāti:

Sagatavot minimums divus zinātniskos rakstus un publikācijas Web of Science/Skopus ar citēšanas indeksu 50% no nozares vidējā.

Īstenot galvenās projekta aktivitātes:

1. Bioloģisko paraugu GC-MS analīzi;

2. Izelpas paraugu GC-MS analīzi attiecībā pret kuņģa mikrobiomu;

3. Helikobaktērijas un citu faktoru ietekmes uz elektronisko degunu analīzi;

4. Kompetences celšanu, zināšanu pārnesi un tīklošanos. Papildu informācija par projekta īstenošanu

Saskaņā ar PVO datiem, kuņģa vēzis ir trešais biežākais ar vēzi saistīto nāves gadījumu cēlonis pasaulē, Eiropas Savienībā - ceturtais, augstākie rādītāji novēroti Austrumeiropā, tostarp Latvijā, kurā vīriešu mirstības līmeņa radītājs no šī vēža ir visaugstākais ES. Kuņģa vēzis bieži tiek diagnosticēts vēlīnā stadijā, tādēļ tas joprojām ir grūti izārstējams.

Izelpas un citām uz GOS balstītām analīzēm ir liels potenciāls šīs problēmas risināšanā, jo tās ir ērtākas pacientiem un izmaksā mazāk nekā endoskopija un uz biopsiju balstīta analīžu pieeja. Informācija, kas saistīta ar pacienta ēšanas paradumiem, dzīvesveidu, slimības vēsturi, hronisku H. pylori infekciju, ģenētiskiem un citiem faktoriem, ir būtiska riska noteikšanai, prognozei, agrīnai konstatēšanai un diagnostikai, kā arī kuņģa vēža profilaksei. Projekta viens no mērķiem ir pievērsties šiem faktoriem un uzlabot pašreizējās kuņģa vēža atklāšanas metodes.

Cilvēka organisma izdalīto GOS ķīmiskā analīze kalpo kā neinvazīvs līdzeklis vairāku slimību, tostarp kuņģa vēža, diagnostikai un monitoringam, kad slimībai nav uzticamas skrīninga alternatīvas. Tomēr līdz šim nav pievērsta pienācīga uzmanība GOS izcelsmei kuņģa vēža gadījumā un mikrobiotai kā GOS avotam. Šī projekta mērķis ir pētīt iespējamo saistību starp kuņģa vēža audu izcelsmes GOS un kuņģa mikrobiotas izcelsmes GOS, lai uzlabotu agrīnu kuņģa vēža atklāšanu. Lai noteiktu GOS vēža un nevēža audos, kuņģa saturā un elpā, tiks veikta gāzu hromatogrāfija-masspektrometrija. Turklāt, lai identificētu ar vēzi saistītos biomarķierus un to avotus, tiks veikts salīdzinājums starp GOS, kurus izdala kuņģa vēža audi un veselie audi. Tas savukārt atvieglos vēža skrīningu un agrīnu atklāšanu. Paralēlā darbība būs korelēt kuņģa mikrobiotas izdalīto GOS gāzu hromatogrāfijas-masspektrometrijas analīzē atklāto kuņģa mikrobiotu. Papildus kā potenciālā diagnostikas pieeja tiks izmantots elektroniskais deguns, kas var noteikt kuņģa vēža elpas mērījuma raksturlielumus. Projekts radīs jaunas zināšanas par kuņģa mikrobiotu un agrīnu vēža atklāšanu.

Pēdējās izmaiņas veiktas

Projekta īstenošanas gaita:

Veikta jaunākās literatūras analīze par pētījumiem par gaistošajiem organiskajiem savienojumiem (VOC) no mikrobioma, kuņģa šūnām (vēža šūnu metabolisma produkti) un izelpas, kuņģa vēža noteikšanai. Tika noteiktas veicamās zinātniskās aktivitātes un uzdevumi, pielāgojot plānu šā brīža situācijai ierobežotas mobilitātes apstākļos.

Projekta pirmās darba pakas ietvaros veikta paraugu vākšana (izelpas, kuņģa sulas, vēža un veselīgo audu) gāzu hromatogrāfijas masu spektrometrijas (GC-MS) analīzei.

Diemžēl, ņemot vērā ārkārtas situāciju COVID-19 dēļ, pieredzes apmaiņas vizīte uz Insbrukas Universitāti Austrijā, lai apgūtu GC-MS tehnikas paraugu analīzei, kas ir plānota pirmajā darba pakā, tika atlikta uz nenoteiktu laiku.

Pēcdoktoranta kompetences attīstīšanai tika apmeklēta Tilburgas Universitātes vasaras skola “Datu izpratne ar R: praktisks seminārs, lai kļūtu par datu analītiķi” kas notika tiešsaistē. Iegūtās zināšanas ļaus efektīvāk veikt informatīvu datu analīzi un datu vizualizāciju. Tika turpināta R programmēšanas valodas bibliotēku, kas izmantojamas laikrindu analīzei, apguve. Izmantojot R programmēšanu, tika sagatavoti un analizēti projekta ietvaros iegūtie un retrospektīvie izelpas testu dati.

Ņemot vērā trešajā darbpakā plānoto ciešo sadarbību ar H2020 VOGAS projekta partneriem, tika apmeklētas attālinātās projekta komandas sanāksmes, kurās tika apspriestas iespējas izmantot projektā izstrādājamo elektronisko degunu praktiskiem eksperimentiem pēcdoktoranta projektā.