Institūta priekšvēsture sākās 1946. gadā, kad Kleistos uz serumstacijas bāzes tika dibināts Latvijas Zinātņu akadēmijas Mikrobioloģijas institūts. 1993. gadā institūta raugu un baktēriju pētnieki nolēma pievienoties Latvijas Universitātei (LU), nodibinot Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas institūtu. Nodibināts 1993. gadā, atdalot no Latvijas Zinātņu akadēmijas A. Kirhenšteina Mikrobioloģijas institūtu.Tā pirmais direktors bija Mārtiņš Beķers.

Līdz ar jaunās LU Medicīnas un dzīvības zinātņu fakultātes izveidošanu no 2024. gada jūlija institūts darbojas kā fakultātes struktūrvienība.

Galvenie pētījumu virzieni:

  • Rūpniecisko producētāju mikroorganismu metabolisms, fizioloģija un biotehnoloģija
  • Mikrobiālā degradācija un vides biotehnoloģija
  • Pārtikas biotehnoloģija
  • Industrijas un lauksaimniecības atkritumproduktu un blakusproduktu biokonversija
  • Sistēmbioloģija, datormodelēšanas pielietojums biotehnoloģijā

Direktors

Armands Vīgants