1946. gada 1. jūlijā izveidots LPSR Zinātņu Akadēmijas Fizikas institūta Astronomijas sektors. Pēc astronomu Jāņa Ikaunieka un Kārļa Šteina ierosmes Latvijas PSR Zinātņu Akadēmijas Prezidijs pieņēma lēmumu par astronomisko pētījumu attīstību akadēmijā. 1946. gada 1. jūlijā Fizikas un matemātikas institūtā sāka darbu Astronomijas sekcija (vēlāk — Astronomijas sektors) astronoma Friča Blumbaha vadībā, kurš bija ievēlēts par pirmo Zinātņu Akadēmijas goda locekli. Darbinieku skaits sākotnēji nebija liels, neskaitot F. Blumbahu, sektorā strādāja divi jaunākie zinātniskie līdzstrādnieki J. lkaunieks un K. Šteins, divi vecākie laboranti Matīss Dīriķis un Ilga Daube un laborante Zenta Kauliņa.

Astronomijas sektors uzsāka zinātnisko darbību divos virzienos — precīza laika noteikšana (vadītājs F. Blumbahs) un asteroīdu efemerīdu aprēķini (vadītājs K. Šteins). Drīz kļuva skaidrs, ka abi šie virzieni nesola lielus panākumus. Precīzā laika noteikšana no astronomisku pētījumu tēmas pārvērtās par tehnisku pasākumu, bet mazo planētu efemerīdu aprēķini varēja radīt Rīgā Ļeņingradas Teorētiskās astronomijas institūta filiāli. 1947. gada oktobrī J. Ikaunieks panāca sadarbības līguma noslēgšanu starp LVU un Maskavas Valsts universitāti. Turpmāk vairāki krievu astronomi ieradās Rīgā, bet studenti varēja doties praksē uz Maskavu.

1948. gadā J. Ikaunieks pārņēma no F. Blumbaha Astronomijas sektora vadību. Tajā pat 1948. gadā PSRS Izglītības ministrija apstiprināja jaunus mācību plānus, kuros agrākā astronomijas specializācija no matemātikas nozarojuma tika pārnesta pie fizikas. 1950. gada beigās Izglītības ministrija arī mainīja LVU specialitāšu un specializāciju nomenklatūru, kurā astronomijas specializācija vairs netika atļauta un 1951. gada sākumā LVU Astronomijas katedru likvidēja. Astronomijas sektors, kuru tobrīd vadīja J. Ikaunieks, pārcēlās uz Zinātņu Akadēmijas telpām. J. Ikaunieka mērķis bija Latvijā izveidot modernu astronomisko observatoriju. 1957. gadā Baldones Riekstukalnā notika aktīva būvniecība un jau nākamajā gadā sākās pirmie novērojumi. 1958. gadā Astronomijas sektors atdalījās no LPSR ZA Fizikas institūta un kļuva par Astrofizikas laboratoriju. J. Ikaunieks bija Astrofizikas laboratorijas, no 1967. gada – Radioastrofizikas observatorijas direktors līdz pat savai nāvei 1969. gadā.