Akadēmiskais centrs► Covid-19 filoģenētiskās analīzes dati
Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā (LBMC) ir veikta 229 SARS-CoV2-2 izolātu filoģenētiskā analīze, atklājot kopumā 2951 dažādas izmaiņas (413 unikālas mutācijas). Iegūtie rezultāti liecina, ka Latvijā tāpat kā citur Eiropā un Dienvidamerikā dominē GR vīrusa clade. Līdz šim 35 vīrusa izolātos ir izdevies identificēt pagaidām tikai Latvijai raksturīgu vīrusa variantu ar specifisku mutāciju kombināciju.
Izstrādāts algoritms kādā veidā epidemioloģiski nozīmīgi paraugi tiek atlasīti un prioritizēti pilna genoma sekvenēšanai un filoģenētiskai analīzei. Filoģenētiskās analīzes rezultāti tiek pārrunāti ar Slimību profilakses un kontroles centra (SPKC) ekspertiem. Tas ievērojami atvieglo uzliesmojumu izmeklēšanu un infekcijas izplatības ceļu noskaidrošanu. Izolāti tiek atlasīti arī retrospektīvi, lai pilnveidotu Latvijai raksturīgo SARS-CoV-2 filoģenētisko koku, kas raksturo vīrusa izplatību un mainību. Tiek veikta vīrusa sekvenču analīze ar nolūku meklēt specifiskas mutācijas, kuras jau publikācijās ir saistītas ar pastiprinātu infekciozitāti. Joprojām notiek paraugu atlase no epidēmijas vēsturiskajiem izolātiem, lai varētu raksturot vīrusa paveidu molekulāro epidemioloģiju Latvijā un to, cik kuram vīrusa celmam ir izdevies izplatīties.
Palielinoties SARS-CoV-2 izplatībai, LBMC tiek regulāri optimizēta darba plūsma un veikti pielāgojumi, lai nodrošinātu regulāru vīrusa izolātu sekvenēšanu un tādejādi veicinātu infekcijas epidemioloģisko uzraudzību arī pēc projekta noslēguma. Filoģenētiskās analīzes rezultāti un tālākais rīcības plāns tiek diskutēts regulāros semināros, sadarbojoties LBMC zinātniekiem un epidemiologiem.
Ievērojot atvērtās zinātnes principu, iegūtie SARS-CoV-2 genoma dati tiek augšupielādēti GISAID datubāzē un ir pieejami Nextstrain platformā. Papildus tam dati tiek sagatavoti deponēšanai Covid-19 datu portālā (EBI).
► Ziņojums: "Covid-19 seroprevalences pētījums Latvijas iedzīvotāju vispārējā populācijā" (skatīt ziņojumu)
1. Kopējās antivielas pret SARS-CoV-2 vīrusu atrastas 12,3% (95% ticamības intervāls 11,5-13,2) Latvijas iedzīvotāju.
2. 2020.gada noslēgumā un 2021.gada sākumā seroprevalencei ir pieaugoša tendence, sasniedzot maksimumu 2021.gada martā. Aprīlī seroprevalence mazinājusies.
3. Vīriešiem un sievietēm seroprevalences rādītāji nav statistiski nozīmīgi atšķirīgi.
4. Seroprevalences rādītājs bērnu līdz 13 gadu vecumam un jauniešu no 18-24 gadu vecumam vidū ir visaugstākais, gandrīz divas reizes pārsniedzot prevalences rādītāju senioru vecumā virs 65 gadiem vidū. Maziem bērniem (līdz 10 gadu vecumam) Covid-19 antivielas sastopamas statistiski ticami biežāk kā cilvēkiem vecumā no 14-17 gadiem un vecumā virs 25 gadiem.
5. Visaugstākā antivielu izplatība vērojama Latgales reģionā, savukārt viszemākā – Kurzemes reģionā. Atšķirības starp reģioniem ir statistiski nozīmīgas.
6. Nedaudz augstāks seroprevalences rādītājs konstatēts mazajās pilsētās, salīdzinot ar lielajām pilsētām vai pagastiem, tomēr šīs atšķirības nav statistiski nozīmīgas.
7. Seroprevalence pieaug, pieaugot mājsaimniecības locekļu skaitam no 1 līdz 4, taču respondentu grupā, kuri dzīvo mājsaimniecībā ar 5 vai vairāk locekļiem, rādītāji krītas. Šīs novērotās atšķirības kopumā ir statistiski nozīmīgas.
8. Visaugstākais seroprevalences rādītājs konstatēts to respondentu vidū, kuri atzīmējuši, ka ir sociālās aprūpes iestāžu klienti, savukārt viszemākais rādītājs noteikts nestrādājošo pensionāru grupā. Sociālās aprūpes iestāžu klientiem, mājsaimniecēm/-kiem, skolēniem/studentiem statistiski ticami biežāk konstatētas antivielas kā personām, kuras šos nodarbinātības veidus nav atzīmējušas. Savukārt nestrādājošie pensionāri un algoti darbinieki inficēti bijuši retāk kā personas, kuras šos nodarbinātības veidus nav atzīmējušas.
9. Seroprevalence statistiski nozīmīgi augstāka ir sociālās aprūpes iestāžu darbiniekiem, militārā dienesta pārstāvjiem un skaistumkopšanas nozares darbiniekiem, salīdzinot ar personām, kuras šajās nozarēs nestrādā. Savukārt tirdzniecības nozares darbinieki inficēti bijuši statistiski ticami retāk kā respondenti, kuri tirdzniecībā nestrādā.
10. Izglītības līmenim pieaugot, seroprevalences rādītājs statistiski ticami sarūk. Seroprevalences rādītājos nepilngadīgām personām saistībā ar mātes vai tēva izglītības nav novērojamas statistiski nozīmīgas atšķirības.
11. Antivielas biežāk atrastas respondentiem, kuriem bijusi saskare ar kādu cilvēku, kuram bijusi apstiprināta Covid-19 infekcija, vai bijušas aizdomas par to, respondentiem, kuri iepriekš ir veikuši izmeklējumus Covid-19 infekcijas diagnosticēšanai un kuri atzīst, ka viņi šajā izmeklējumā ir saņēmuši apstiprinošu atbildi. Augstāka seroprevalence identificēta arī tiem pētījuma dalībniekiem, kuri atzīmē, ka ar Covid-19 slimojis vai miris kāds no viņu radiniekiem vai kolēģiem.
12. Personām, kurām atrastas antivielas pret SARS-CoV-2 vīrusu, trīs biežāk novērotie simptomi kopš 2020.gada sākuma bijuši nespēks/nogurums, iesnas un aizlikts deguns. Šīs pazīmes viņiem bijušas statistiski ticami biežāk kā pētījuma dalībniekiem ar negatīvu antivielu testa rezultātu. Cilvēkiem, kuriem pētījumā ir atrastas antivielas pret SARS-CoV-2 vīrusu, statistiski nozīmīgi biežāk vērojami arī citi simptomi – galvassāpes, klepus, ožas traucējumi, drebuļi, muskuļu sāpes, paaugstināta temperatūra, locītavu sāpes, apetītes zudums, garšas traucējumi, elpas trūkums un asiņošana no deguna.
13. Minēto simptomu dēļ pētījuma dalībniekiem, kuriem ir atrastas antivielas pret SARS- CoV-2 vīrusu, biežāk nācies kavēt darbu vai mācības, kā arī biežāk vērsties pie ārsta, nekā personām, kurām antivielas atrastas nav, taču hospitalizācijas biežums starp abām pētījuma grupām nav atšķirīgs.
14. Seroprevalences rādītāji pētījuma dalībnieku grupās ar hroniskām blakus saslimšanām nav nozīmīgi atšķirīgi kā personām bez šādām saslimšanām.
15. Personu grupās, kuras atzinušas, ka nav praktizējušas inficēšanās risku mazinošu uzvedību, seroprevalences rādītājam ir tendence būt augstākam. Taču šīs novērotās atšķirības nav vērtējamas kā statistiski ticamas.
16. Antivielas pret SARS-CoV-2 vīrusu statistiski ticami biežāk atrastas tiem pētījuma dalībniekiem, kuri netic šī vīrusa eksistencei, kuri uzskata, ka vīrusa bīstamība ir pārspīlēta, kuri uzskata, ka masu medijos paustā epidemioloģiskā situācija nav tik nopietna, kā arī to vidū, kuri uzskata, ka piesardzības pasākumi viņiem nepalīdzēs izvairīties no inficēšanās
► Manuskriptu publikācijas pirmspublikāciju arhīvā / publikācijas
Manuskripts par SARS-CoV-2 mainību Latvijā ir publicēts pirmspublikāciju arhīvā medRxiv, atbilstoši atvērtās zinātnes principiem. Ar manuskriptu iespējams iepazīties, sekojot saitei: https://doi.org/10.1101/2020.09.08.20190504
Manuskripts par SARS-CoV-2 diagnostiku siekalu paraugos publicēts pirmspublikāciju arhīvā medRxiv, atbilstoši atvērtās zinātnes principiem. Ar manuskriptu iespējams iepazīties, sekojot saitei: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.20.20216127v2
Informācija par biomarķieru noteikšanas notekudeņos analītiskās metodes parametriem iekļauta zinātniskajā publikācijā “Rapid determination of pharmaceuticals in wastewater by direct infusion HRMS using target and suspect screening analysis”. Ar publikāciju iespējams iepazīties, sekojot saitei: doi.org/10.1016/j.scitotenv.2020.142688
► Lai palielinātu testēšanas kapacitāti, izstrādāta un apstiprināta siekalu testa pielietojamība SARS-CoV-2 laboratoriskajam monitoringam
Lai palielinātu testēšanas kapacitāti, projekta ietvaros izstrādāta un apstiprināta siekalu testa pielietojamība SARS-CoV-2 laboratoriskajam monitoringam un izmantošanai masu skrīninga ietvaros. Balstoties uz metodes validācijas un pilotpētījuma rezultātiem, pieņemts lēmums Latvijā pielietot siekalu testu, ko apmaksā NVD un uz kuru norīkojumu sniedz SPKC. Lai vēl vairāk palielinātu testēšanas kapacitāti, zinātniskā grupa arī ieviesusi pašapkalpošanās testu komplektu izplatīšanas sistēmu, kur siekalu testēšanas komplektu var saņemt manuāli, izmantojot QR kodu, tādējādi nodrošinot ātru un viegli novērtējamu skrīningu riska grupām, piemēram, veselības aprūpes darbiniekiem.
Siekalu testu izmantošana un komplektu izdalīšanas automatizācija izraisījusi rezonansi arī ārvalstu medijos:
- Latvijā, Paula Stradiņa Klīniskajā univeristātes slimnīcā ir uzstādīta iekārta, kas izsniedz SARS-CoV-2 testus un uzglabā saņemtos paraugus - tā ir pirmā šāda veida iekārta pasaulē.
- Latvija ir nākusi klajā ar automatizētu SARS-CoV-2 skrīninga sistēmu, kas var darboties visu diennakti un praktiski novērš inficēšanās risku starp testa veicējiem un testējamajām personām.
- Reuters ziņo, ka Paula Stradiņa klīniskajā universitātes slimnīcā ir uzstādīta pirmā no 100 iekārtām auomatizētai siekalu testu izdalīšanai - tā ir pirmā šāda veida mašīna pasaulē. Tehniķis komplektus savāc vienu reizi dienā, un rezultāti ir pieejami 24 stundu laikā. Ierīce novērš nepieciešamību pēc vairākiem medicīnas darbiniekiem, tādējādi novēršot arī viņu inficēšanās risku.
► Datu repozitorijā notekūdens analīžu rezultāti
Informācija par pirmajiem notekūdens analīžu rezultātiem ir ievietota atvērto datu repozatorijā https://zenodo.org un caur Latvijas tīro tehnoloģiju klāsteri https://cleantechlatvia.com/lv/par-mums/ dati nodoti šī organizācijas sadarbības partneriem.
Latvijas pilsētu notekūdeņu savākšanas tīklos un attīrīšanas iekārtās, aptverot vairākus Latvijas reģionus, ir ievākti 75 notekūdeņu paraugi . Pētījuma laikā, sadarbojoties BIOR, RTU un BMC, ir papildināta un uzlabota izstrādātā notekūdeņu paraugu ņemšanas stratēģija. Apdzīvotajā vietā ar ļoti augstu saslimšanas skaitu notekūdeņu paraugos tika konstatēts SARS-CoV-2 RNS klātbūtnes pieaugums, tādējādi iegūtie rezultāti liecina par iespējamu korelāciju starp saslimušo iedzīvotāju skaitu un SARS-CoV-2 RNS kopiju skaitu. Saskaņā ar iegūtajiem datiem SARS-CoV-2 RNS klātbūtne un RNS kopiju skaita pieaugums attiecīgajā apdzīvotajā vietā tika konstatētas pirms faktiskā saslimstības rādītāja pieauguma, līdz ar to demonstrējot izstrādātās metodikas spēju savlaicīgi konstatēt slimības izplatību. Līdzšinējie rezultāti parāda, ka vīrusu klātbūtne paraugos tiek konstatēta vietās kur saslimušo skaits ir salīdzinoši augsts pret kopējo iedzīvotāju skaitu.
► Ziņojums: "Covid-19 riski un drošība: sociālā analīze"
Šis pētījuma ziņojums fokusējas uz sociālās analīzes jeb sociālantropoloģiskās pētījuma apakšaktivitātes rezultātiem atsevišķi. Sociālantropoloģiskā pētījuma apakšaktivitāte līdztekus kopīgi izvēlētajām pētījuma vietām (kultūras iestāde, rūpnīca, ambulatorais veselības aprūpes centrs) kā papildus pētījuma vietu iekļāva arī vispārējās vidējās izglītības iestādi. Sociālantropoloģiskās pētījuma apakšaktivitāte ir balstīta pārliecībā, ka augsta riska vidē esošo cilvēku balss un viedoklis jāņem vērā, lai nepieļautu, ka viņi ir tikai pasīvi pētījumu vai politikas prasību subjekti; tā vietā ir svarīgi izmantot viņu viedokli pētījumos un pasākumos, kuru mērķis ir novērst Covid-19 (WHO, 2017; 2020). Tādējādi šī pētījuma mērķis ir identificēt cilvēku, kuri ikdienā izmanto paaugstināta riska vietas, pieredzi, pielāgojot un uzturot šīs vietas epidemioloģiski drošas, kā arī viņu priekšstatiem par drošību un risku. Šis pētījums ļauj ieraudzīt, kā riska un drošības izpratne un prakses ir situētas noteiktās vidēs. Pētījuma rezultāti ļauj arī identificēt kavējošos un veicinošos faktorus pandēmijas ierobežojumu ievērošanā, kā arī piedāvā ieteikumus sabiedrības veselības stratēģiju pilnveidei.
► Ziņojums: "Covid-19 riski un drošība: slimnīcas klīnikas gadījuma sociālā analīze"
Šis pētījuma ziņojums ir brīvprātīga iniciatīva veikt papildu sociālo analīzi augsta epidemioloģiskā riska vietā – slimnīcas klīnikā. Šī papildu pētījuma mērķis bija gūt priekšstatu un saprast, kā Covid-19 riski un epidemioloģiskās drošības pasākumi tiek uztverti un pieredzēti izvēlētajā pētījuma vietā no klīnikas darbinieku un pacientu vecāku skatupunkta. Piemēram, vai ir kādi šķēršļi, kas neļauj ievērot drošības prasības; kā darbinieki un vecāki vērtē epidemioloģiskās drošības prasības klīnikā; vai ir kādi ieteikumi, kas palīdzētu darboties un justies epidemioloģiski drošāk.
► Izstrādāts pirmais prototips privātumu saglabājošam sociālās distancēšanās monitoringa algoritmam
Valsts pētījumu programmas “Covid-19 seku mazināšanai” projekta “Multidisciplināra pieeja COVID19 un citu nākotnes epidēmiju monitorēšanai, kontrolei un ierobežošanai Latvijā” (COV-MITIGATE) ietvaros EDI strādā pie malas (edge) sistēmas prototipa, kas limitētos resursos, saglabājot cilvēku privātumu, var video noteikt cilvēku atrašanās vietu un pētniekiem nodrošināt uzticamu informāciju par attālumu starp cilvēkiem telpās laika griezumā.
Plašāk par izstrādāto protoipu kontaktu trasēšanai infekcijas risku mazināšanai stāsta prof. Leo Seļāvo - skatīt video.
Privātumu saglabājošas kontaktu trasēšanas sistēmas pilotēšanas ietvaros veikta detalizēta Latvijas Nacionālās Operas un Baleta (LNOB) vides apsekošana, augsta riska zonu identifikācija un izstrādātas un testētas divas privātumu saglabājošas kontaktu trasēšanas sistēmas – viedie sensori un viedās kameras.
Plašāk par izstrādāto prototipu var uzzināt:
- Elektronikas un datorzinātņu institūta mājaslapā "Izstrādāts pirmais prototips privātumu saglabājošam sociālās distancēšanās monitoringa algoritmam"
- Elektronikas un datorzinātņu institūta mājaslapā "Multidisciplināra pieeja COVID19 un citu nākotnes epidēmiju monitorēšanai, kontrolei un ierobežošanai Latvijā (COV-MITIGATE)"
- Video:
