Jūdaikas Studiju Centrs uztur akadēmisku sadarbību ar Latvijas Zinātņu Akadēmiju (Latvija), Maskavas ebreju civilizācijas centru "Sefer" (the Moscow Center for University Teaching of Jewish Civilization "Sefer") (Maskava), Čeiza ebreju studiju centru krievu valodā (The Chais Center for Jewish Studies in Russian) un Jeruzalemes ebreju Universitāti (The Hebrew University of Jerusalem) (Izraēla), Ben Guriona Universitāti (Bēršeba, Izraēla), Ģentes Universitāti (Beļģija), kā arī PAIDEIA - Eiropas ebreju studiju centru Zviedrijā (PAIDEIA, The European Institute for Jewish Studies in Sweden).