Medicīnas fakultātei ir sadarbība ar:
- RP SIA „Rīgas 1. slimnīca”,
- VSIA „Paula Stradiņa Klīniskā universitātes slimnīca”,
- SIA „Rīgas Austrumu klīniskā universitātes slimnīca”,
- VSIA „Bērnu klīniskā universitātes slimnīca”,
- VSIA „Traumatoloģijas un ortopēdijas slimnīca”,
- RP SIA „Rīgas Dzemdību nams”,
- AS „Latvijas Jūras medicīnas centrs”,
- VSIA „Rīgas Psihiatrijas un narkoloģijas centrs”,
- Tuberkulozes un plaušu slimību valsts aģentūru,
- VA „Latvijas Infektoloģijas centrs”,
- SIA „Ārstu konsultatīvais dienests”,
- VA „Paula Stradiņa Medicīnas vēstures muzejs”,
- Latvijas Ārstu biedrību,
- Latvijas Māsu asociāciju,
- Rīgas Medicīnas koledža,
- Paula Stradiņa veselības un sociālās aprūpes koledžu,
- Sarkanā Krusta medicīnas koledžu,
- citām LU struktūrvienībām